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實(shí)驗(yàn)方法原理

平頭連接是將制備好的平頭載體和補(bǔ)平或削平的PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行連接。載體可用EcoR V或Sma I切成平頭；PCR產(chǎn)物純化后，可以在22℃用DNA聚合酶I作用30min（利用該酶所具有的3’→5’外切酶活性和5’→3’的聚合酶活性）。

如果要求不高，PCR產(chǎn)物也可不加處理。如果使用Stratagene公司的pfu DNA聚合酶或New England Biolabs公司的Vent DNA聚合酶，這兩種酶有5’→3’校對能力，擴(kuò)增出來的PCR產(chǎn)物已經(jīng)是平頭，可以不作平端處理。平端連接的一個(gè)顯而易見的缺陷是連接效率低下，即使使用很高單位的連接酶，或在反應(yīng)體系中加入PEG 8000，也只能很有限地提高效率。

通常情況下，PCR產(chǎn)物可直接與平端載體DNA進(jìn)行連接，但其連接效率效低。因?yàn)?/span>Taq DNA聚合酶具有非模板依賴性末端轉(zhuǎn)移酶活性，能在兩6條 DNA鏈的3'末端加上一個(gè)多余的堿基，使合成的PCR產(chǎn)物成為3'突出一個(gè)堿基的DNA分子。

這種DNA分子的連接效率很低。由于PCR產(chǎn)物的效率通過較高，在采用大量T4 DNA連接酶并配以5-10u T4 RNA連接酶時(shí)，可顯著提高其連接效率。

對于較短PCR產(chǎn)物，用PUS19的HincⅡ位點(diǎn)進(jìn)行克隆，以X-gal和IPTG篩選，?？傻玫阶懔恐亟M子。另一種提高克隆效率的途徑是先用Klenow大片段或T4DNA聚合酶消去3'末端突出堿基將PCR產(chǎn)物變成平端DNA，然后再用平端連接法克隆PCR產(chǎn)物。

實(shí)驗(yàn)材料

模板DNA

試劑、試劑盒

SauIKlenow片段T4連接酶

儀器、耗材

移液器、移液器吸頭、PCR小管、DNA擴(kuò)增儀、電泳槽、電泳儀、臺式高速離心機(jī)

實(shí)驗(yàn)步驟

一、PCR反應(yīng)

1.  依次混勻下列試劑

（1）H₂O：35 μl

（2）10×PCR反應(yīng)緩沖液：5 μl

（3）25 mmol/L MgCl₂：4 μl

（4） 4種dNTP：4 μl

（5）上游引物（引物1）：0.5 μl

（6）下游引物（引物2）：0.5 μl

（7）模板DNA（約1 ng）：0.5 μl

（8）混勻后離心5秒。

2.  將混合物在94℃下加熱5分鐘后冰冷，迅速離心數(shù)秒， 使管壁上液滴沉至管底，加入Taq DNA聚合酶（0.5 μl約2.5 U），混勻后稍離心，加入一滴礦物油覆蓋于反應(yīng)混合物上。

3.  用94℃變性1分鐘，45℃退火1分鐘， 72℃延伸2分鐘， 循環(huán)35輪，進(jìn)行PCR。最后一輪循環(huán)結(jié)束后， 于72℃下保溫10分鐘，使反應(yīng)產(chǎn)物擴(kuò)增充分。

二、電泳

取10 μl擴(kuò)增產(chǎn)物用1％瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分析，檢查反應(yīng)產(chǎn)物及長度。

三、PCR產(chǎn)物的純化

擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物如利用T-Vector進(jìn)行克隆，可直接使用，如用平未端或粘性未端連接，往往需要將產(chǎn)物純化。

1.  酚/氯fang法

（1）取反應(yīng)產(chǎn)物加100 μl TE。

（2）加等體積氯fang混勻后用微型離心機(jī)10000 rpm離心15秒，用移液器將上層水相吸至新的小管中。這樣抽提一次， 可除去覆蓋在表面的礦物油。

（3）再用酚:氯fang:異戊醇抽提二次，每次回收上層水相。

（4）在水相中加300 μl 95％乙醇，置-20℃下30 min沉淀。

（5）在小離心機(jī)上10000 rpm離心10 min，吸凈上清液。加入1 ml 70％乙醇，稍離后，吸凈上清液.重復(fù)洗滌沉淀2次。將沉淀溶于7 ml ddH₂O 中，待用。

2.  Wizard PCR DNA純化系統(tǒng)

Wizard PCR DNA純化系統(tǒng)可以快速、有效、可靠地提取PCR擴(kuò)增液中的DNA，提純后的DNA可用于測序、標(biāo)記、克隆等。 該系統(tǒng)中含有的試劑和柱子可供50次PCR產(chǎn)物的純化，試劑包括：50 ml Wizard PCR DNA純化樹脂、5 ml 直接提取緩沖液、50支 Wizard微型柱。

（1）吸取PCR反應(yīng)液水相放于1.5 ml eppendorf管中。

（2）加100 ml直接提取緩沖液，渦旋混勻。

（3）加1 ml PCR DNA純化樹脂，1分鐘內(nèi)渦旋混合3次。

（4）取一次性注射器， 取出注塞，并使注射筒與Wizard微型柱連接，用移液槍將上述混合液加入注射筒中，并用注塞輕推，使混合物進(jìn)入微型柱。

（5）將注射器與微型柱分開，取出注塞， 再將注射筒與微型柱相連，加入2 ml 80%異丙醇，對微型柱進(jìn)行清洗。

（6）取出微型柱置于eppendorf管中，12 000 g離心20秒，以除去微型柱中的洗液。

（7）將微型柱放在一個(gè)新eppendorf管中，加50 μl TE或水，靜止1分鐘后，12 000 g離心20秒。

（8）丟棄微型柱，eppendorf管中的溶液即為純化DNA，存放于4℃或-20℃。

四、載體加dT尾